侍魂的剧情：16世纪中叶，由于连年的天灾和沉重的赋税，日本的民众苦不堪言，而天主教也在这时逐渐兴盛起来，信仰者大多都是贫苦的民众。
面对着日益强大的天主教势力，日本幕府感受到了威胁，下令“禁教”。1637年，天主教徒终于忍无可忍，他们推举“天草四郎”担任领袖，揭竿而起，爆发了江户时代最大的一次农民起义，史称“岛原之乱”。

虽然起义人数达到了三万之众，但在幕府军队的围剿下，最终寡不敌众，天草四郎及其属下全部壮烈牺牲。
时间来到了1788年。
这一年，世界各地都发生了异变，有的地区流行着未知原因的疫情，有的地区发生天崩地裂的自然灾害，有的地区则是永不停息的战乱，全世界的人们都陷入深深的不安与绝望之中。
然而这时，却有一个人看着这混乱的世界面带微笑，这个人，就是100多年前断送生命的天草四郎。

天草四郎的内心憎恨着幕府，憎恨着这个世界，而黑暗中的“暗黑神”正是利用这一点，施展黑暗力量，让天草四郎借助“服部半藏”的儿子“服部真藏”的身体成功复活。
而暗黑神的目的，就是为了给自己创造降临人间的机会。
复活后的天草四郎有着令人毛骨悚然的邪恶力量，他到处散播着邪教教义，为暗黑神的降临做准备，而这也是导致世界各地出现异变的源头。
就在这时，来自世界各地的12名剑士团结了起来，他们带着各自的目的和信念，终于来到灾难的源头——天草四郎的面前。

毫无悬念的，天草四郎被12剑士击败，世界也恢复了和平。

本部作品为多重结局，玩家操作不同的角色打败天草四郎，会出现不同的结局，这里只描写几个有特殊影响力的角色结局。
霸王丸：击败天草以后，霸王丸并没有停止修行，而是去找不知火流派挑战，以便提高自己的实力。

不知火幻庵：不知火幻庵回到了鬼哭岛，1789年，被不知火舞的祖先不知火麻衣找到并杀死（在第二部中被罗将神复活）。

加尔福特：加尔福特打败天草后，击碎了他手中的宝珠，天草的灵魂得到了释放，恢复了善良的一面。原来，天草也一直都被暗黑神控制着内心，他并不是完全的邪恶，而是有着善良面和邪恶面（对后续的剧情有深远的影响）。

服部半藏：虽然打败了天草，但是服部半藏仍然没有得到儿子的消息，而这么多年来天草一直利用真藏的身体作恶多端，服部半藏深感愧疚，决定自刎以谢天下，幸好被手下拦住了。
娜可露露：娜可露露带着小动物们回到了自己的村落，这也是她最后一次回去（下一部娜可露露献祭大自然了）。
