1、《文化苦旅》1992年大陆出版，1995年台湾出版《文化苦旅》，文化苦旅是余秋雨先生的代表作，书主要是以余秋雨先生在全国各地的文化之地的游览过程为线索，思想非常深刻，语言也极有震撼力，揭示了中国文化巨大的内涵，其中对人性的拷问也极为深刻。整本书向读者展示了余秋雨先生渊博的文学和史学功底，以及书中丰厚的文化感悟力和艺术表现力，该书也为当代散文领域提供了崭新的范例。
2、《山居笔记》一书的写作，始于一九九二年，成于一九九四年，历时两年有余。为了写作此书，作者辞去了学院的行政职务，不再上班，因此这两年多的时间十分纯粹，几乎是全身心地投入。投入那么多时间才写出十一篇文章，效率未免太低，但作者的写作是与考察联在一起的，很多写到的地方不得不一去再去，快不起来。记得有一次为了核对海南岛某古迹一副对联上的两个字，几度函询都得不到准确回答，只得再去了一次。这种做法如果以经济得失来核算简直荒诞不经，但文章的事情另有得失，即所谓“得失寸心知”。
3、《霜冷长河》1999年惊人的安静，但这种安静使它成了一条最纯粹的河。清亮、冷漠、坦荡，岸边没有热闹，没有观望，甚至几乎没有房舍和码头，因此它也没有降格为一脉水源、一条通道。它保持了大河自身的品性，让一件件岸边的事情全都过去，不管这些事情一时多么重要、多么残酷、多么振奋，都比不上大河本身的存在状态。它有点荒凉，却拒绝驱使；它万分寂寞，却安然自得。很快它会结冰，这是它自己的作息时间表，休息时也休息得像模像样……
4、《千年一叹》2000年，这是一本日记，记录了余秋雨在千年之交随香港凤凰卫视“千禧之旅”越野车跋涉四万公里的经历。他们一行人是去寻找人类古代文明的路基，却发现竟然有那么多路段荒草迷离、战壕密布、盗匪出没。完全不知道下一公里会遇到什么，所知道的只是一串串真实的恐怖故事。在“千禧之旅”即将结束之时，作者写下这样的一段话：“四个月冒险奔波，天天都思念着终点。今天我们到了，回头一看，却对数万公里的尺尺寸寸产生了眷恋。那是人类文明的经络系统，从今以后，那里的全部冷暖疼痛，都会快速地传递到我的心间。”
5、《行者无疆》2001年行者独步于遥远的旷野，素昧平生的未知，遭遇处处的难题，只因为一个执着的信任，敢于把世界上任何一片土地都放在脚下，为后来人度步出一往无垠的疆土。
6、晨雨初听
7、《晨雨初听》2001年6月也是余秋雨的作品之一只有书籍，能把辽阔的空间和漫长的时间浇灌给你。能把一切高贵生命早已飘散的信号传递给你，能把无数的智慧和美好对比着愚蠢和丑陋一起呈现给你。
8、《借我一生》2004年，是余秋雨对中国文化界的“告别之作”，涉及他和他的家族诸多不为人知的经历，还描绘了记忆中文革时“大揭发”、“大批判”的整人模式……从前辈到自己，作者以平实、真实的记忆组成一部文学作品。“我历来不赞成处于创造过程中的艺术家太激动，但写这本书，常常泪流不止。”
9、《笛声何处》2004年中国历史充斥着金戈铁马，但细细听去，也回荡着胡笳长笛。只是，后一种声音太柔太轻，常常被人们遗忘。遗忘了，历史就变得狞厉、粗糙。这本书要捕捉的，就是曾经让中国人痴迷了两百年之久的昆曲的笛声。在《笛声何处》当中，余秋雨依旧以其一贯的文化的视角、散文的风格，关注的则是另一种历史的、音乐的非物质的文化。余秋雨称，《笛声何处》的创作准备早在12年前就已经开始了。当时，《文化苦旅》还没有进入台湾，余秋雨赴台所到之处的一系列活动，均是以昆曲学者的身份受到接待的。
10、《寻觅中华》2008年纵观《寻觅中华》全书，并没有多少优美的词句和华丽的词藻，其间多的是睿智的语言，以及一则则通俗的故事。余秋雨也很少对山水名胜作具体的描述，往往是笔锋一转，人为地构造出了一幅幅浓郁而又深沉的人文图景，紧跟着便进入了直抒式的咏叹，继而以纵横四海的气势，挥洒着对中国文化的种种遐想和议论。它为每一名读者解读了中华文化的壮阔和黄河文明的盛衰，使读者为文章的情绪所感染，在不知不觉中接受作者发自内心的感悟，从而以一种崭新的姿态去思索人生、思索未来。余秋雨先生全新版的《文化苦旅全书》共分六册。首批推出有关中国的两本《寻觅中华》和《摩挲大地》。
11、《摩挲大地》一书，精选了《文化苦旅》、《山居笔记》中的一些著名篇章，但每一篇都由作者本人进行了大幅度的精心修改。书中的后半部分有关边远地区少数民族生态的文章都是第一次发表。全书230千字。从此，余秋雨的全部文化散文著作，均以这套书的文字和标题为准，之前的所有的版本不再印刷，免误读者。
12、《历史的暗角》2009年收录的篇什历来被文学史和读者目为历史、文化美文的典范之作而广泛传诵,堪称秋雨散文中的泰山北斗。读者自会体悟到余秋雨在历史追溯之中体现出来的心灵的震颤、思考的重量。
