从红与黑篇之后开始说起，本回答是长答案和短答案的拼盘，大家一定要看清我的回答开头的说明，对红与黑篇之后的剧情完全不了解的人可以把进度条拉下去看短答案，怕剧透的人可以挑长答案内部引用块的内容看。
没看清说明的人如果看不懂或不小心接受了剧透的话后果自负。
红与黑篇之后已经有400多话内容了，对于从红与黑篇之后就没看或基本上没看《名侦探柯南》的人来说，能把十个左右（部分公开活动的人物和身份神秘的人物是不是一个人现在还不清楚，因此无法准确统计）重要的新人物的来头理清楚就不错了（还没说部分老人物有了新的身份），而且现在的主线和非主线剧情之间的区别越来越模糊了，很多篇章都是在开头/结尾挤牙膏式地交代一点主线剧情，中间强行加个案子，所以按照漫画顺序平铺直叙地讲剧情势必篇幅过长，而篇幅过长的话，只看到红与黑篇的人看了A人物如何如何，B人物如何如何，C人物如何如何，D人物又跟A人物如何如何的话，很可能已经记不清A人物是什么人了，需要回过头去看A人物是什么人，看完之后没准又忘了B人物、C人物是什么人了。
所以我决定给出两个版本，第一个是整合版，第二个是浓缩版。
整合版适合红与黑篇之后跳着看《名侦探柯南》，对新人物多少有些了解，但对完整的故事不太清楚的人。
浓缩版适合红与黑篇之后就没看《名侦探柯南》的人。
你们可以根据自己的情况决定是看整合版，还是把进度条拉下去看浓缩版。
另外，怕剧透的人可以看整合版当中引用块的内容。
想找浓缩版可以用页面查找功能搜索“以下为浓缩版”定位。
由于红与黑篇之后出场的人物很多，而且某些人物和某些老人物关系密切，因此在后面附了人物关系图。
有人问我应该看哪些集的动画，所以我列出了推荐看的集数，放在了人物关系图后面。
本回答是作者更新到第1012话和1013话之间做出的，第1012话之后的内容补充在末尾，我会在每一个系列结束之后补充该系列的内容（当然，只能是和作者一样挤牙膏式地交待主线剧情，没有整合，而且是剧透）；不过朗姆篇完结之后，我会补上朗姆篇后半部分的整合版。
另外，本回答的“柯南第N次恢复成工藤新一”指的是《名侦探柯南》中柯南的第N个恢复成工藤新一的篇章，如果细统计的话，仅仅修学旅行篇柯南就三次吃药恢复成工藤新一了。
以上为说明，以下为整合版。
整合版略去了一些次要剧情，并且整合了一下剧情，比如“世良真纯声称她有一个二哥”那段除了涉及上古的篇章之外，还至少直接涉及四个篇章（第928——930话、第945——947话、第948——950话、第972——974话）的内容，而第972——974话当中另一部分内容在另一个自然段涉及（所以不要让我标明集数）。
另外，我插入引用块只是为了分层次，引用块的内容适合怕剧透的人看，对情节有一定了解并且不怕剧透的人可以把引用块隔过去。
建议看的时候在纸上写下新人物的名字，用箭头标注人物关系，不然容易看乱了。
红与黑篇到漫画第609话（动画TV版第504集，拆分版第551集）赤井秀一疑似牺牲时结束，从漫画第622话（动画TV版第509集，拆分版第556集）水无怜奈给FBI发来情报，黑衣组织有一个代号波本的人物开始行动起，漫画进入了“谁是波本”三选一的模式，这段剧情被称为波本篇。
波本嫌疑人有自称大学研究生，住进了工藤家的冲矢昴（男），自称从美国留学归来，转到毛利兰班上的高中生世良真纯（女，不过看起来像男），在毛利小五郎楼下咖啡馆打工的安室透（男）；三个人都有很强的推理能力和不俗的武功，都有可疑的举动。与此同时，有一个长相酷似赤井秀一但脸上有伤疤的神秘男人出现。
在波本篇的一个篇章——列车篇——里，主角团队和三个波本嫌疑人都上了铃木号特快列车，车上又出现了伤疤赤井，而琴酒正在列车终点处等待，灰原哀有危险。
那么谁是波本？另外两个嫌疑人又是什么来头？两次出现的伤疤赤井又分别是谁？柯南又该怎么保护灰原哀？这些在列车篇（漫画第818话——824话，动画TV版第701——704集，拆分版第753——756集）将给出答案。
另外一条主线，柯南两次变回工藤新一，第一次没有来得及向毛利兰表白，第二次到了遥远的伦敦，并且向毛利兰表白了，那么柯南有没有成功？请看死罗神篇（漫画第646话——656话，动画TV版第521——524集，拆分版第570——575集）和伦敦篇（漫画第743话——751话，动画TV版第616——621集，拆分版第667——672集）。
赤井秀一疑似牺牲之后，FBI得到了水无怜奈发来的情报，黑衣组织有一个代号波本的人物开始了行动。
本堂瑛佑发现了柯南疑似工藤新一，故意当着柯南的面说自己要追求毛利兰，于是柯南对本堂瑛佑说出了自己的真实身份。本堂瑛佑随后回到了美国，立志加入CIA。
一个叫冲矢昴的人物出现，他自称是大学研究生。此人推理能力很强，又有武功，他的住宅在一次火灾事故中被毁，后来住进了工藤家。他是波本嫌疑人之一。
有人寄信说一年前工藤新一处理发生在某山村的一桩案件时推理错误，于是柯南、毛利兰等人去了那里。这期间柯南感冒，并且误把A药的解药当成了感冒药，因此第三次恢复成工藤新一。这次他险些暴露身份，在服部平次和灰原哀的帮助之下瞒过了毛利兰等人。处理完案件（证实新一没有推理错误）后几个人返回，期间再次遭遇案件；解决完案件后，工藤新一没有来得及对毛利兰表白就变回了柯南。
在某次案件中，一个长相酷似赤井秀一但是脸上有伤疤的男人出现，茱蒂惊讶赤井秀一竟然没死，但解决完案件之后，茱蒂没有得到和伤疤赤井进一步交谈的机会（后来证明，这个伤疤赤井是波本假扮的，用来试探茱蒂的反应，以此判断赤井秀一到底是不是死了）。
伤疤赤井出现之后，琴酒怀疑赤井秀一已死有假，并怀疑水无怜奈，但得到了贝尔摩德的消息之后放下了对准水无怜奈的枪。
毛利小五郎、毛利兰、柯南和阿笠博士受邀去伦敦，柯南由于身份有假，无法出国，于是找灰原哀要了解药，第四次恢复（出入境时变回了工藤新一）。在伦敦，几个人遇到了案件，在破解案件的过程中，柯南以工藤新一的身份跟毛利兰通电话，并被毛利兰发现身处伦敦；为了不暴露身份，他服下返回时用的解药，变回工藤新一，并向毛利兰表白，这次表白没有得到回应。随后柯南破解了案件，确认犯人将在温网女单决赛中杀人；柯南制止了犯人。最后工藤有希子送来的解药，柯南顺利回到了日本。
一个叫世良真纯的女高中生转到了毛利兰的班上。她推理能力很强，还会截拳道，自称是刚从美国回来，而且还在打探工藤新一的消息，是波本嫌疑人之二。
世良真纯长相像男性，打扮中性，其他人第一眼看见她都误以为她是男的，但詹姆斯一看就知道她是女的，疑似认识她。
有一个叫安室透的人，推理能力很强，武功也不错，在毛利小五郎楼下的咖啡馆打工，兼职私家侦探，但自称能力不如毛利小五郎，于是拜毛利小五郎为师，疑似有意接近毛利小五郎，是波本嫌疑人之三。
在一次事件中，毛利兰到了工藤家，给工藤新一打电话，柯南在厕所接了电话，用了变声器，冲矢昴观察到了这件事。
主角团队受邀搭乘铃木号特快列车去名古屋。而在之前的一次事件中，灰原哀为了救自己和少年侦探团，服下了A药的解药，变回了宫野志保，而冲矢昴、世良真纯和安室透发现宫野志保戴着搭乘铃木号特快列车时需要的戒指（戒指是通行证），因此波本（在这三个人当中）知道了宫野志保要搭乘铃木号特快列车，并告诉了琴酒。琴酒准备在名古屋车站炸毁列车，杀掉宫野志保。
主角团队、贝尔摩德、冲矢昴、世良真纯和安室透登上了铃木号特快列车。车上发生了案件，处理案件时，伤疤赤井再次出现；伤疤赤井把世良真纯电晕；贝尔摩德给灰原哀发了恐吓短信，灰原哀准备一个人去面对黑衣组织（这里出现了灰原哀的回忆，宫野艾琳娜留给宫野志保的录音带当中，宫野志保18岁的录音带里，宫野艾琳娜提到了她和宫野厚司要研制神秘药物银色子弹）。车上的伤疤赤井是贝尔摩德假扮的，与此同时，工藤有希子出现在了列车上，贝尔摩德和工藤有希子对峙时，贝尔摩德提到了板仓卓（确认当初是她要求板仓卓做软件的）。柯南解决了案件，而波本制造了火灾事故，把其他人逼到前排车厢，“宫野志保”独自前往最后一节车厢面对波本。原来安室透是波本，他想活捉宫野志保，但贝尔摩德在最后一节车厢安装了炸弹，想要通过炸最后一节列车的方式炸死宫野志保（琴酒想的是在车站下手，这里可以看出琴酒、贝尔摩德、波本的想法不统一）。列车到站之前，一个眼睛像赤井秀一的人用炸弹逼最后一节车厢停下，随后贝尔摩德启动了炸弹，最后一节车厢爆炸，工藤有希子的表现让贝尔摩德感到自己胜利了，宫野志保死了。然而贝尔摩德还是被柯南等人算计了——柯南在解决案件时发现基德在车上，于是以不把基德交给警察为条件要求基德扮成宫野志保去面对波本，而灰原哀被保护了起来，基德在车厢爆炸之前飞走了。不过贝尔摩德最后还是在车站发现灰原哀还活着，而安室透表示要重新调查赤井秀一的死。这段还揭露了，世良真纯是赤井秀一的妹妹。
警视厅的恋情发展，剧情揭示交警宫本由美的男友是将棋高手羽田秀吉，交警三池苗子的CP是警官千叶和伸，白鸟任三郎警官的女友是小林澄子老师。
波本的身份在列车篇（漫画第824话，对应动画TV版第704集，海外版第756集）揭晓了，但波本篇还没有真正结束。波本查出了一些真相，似乎要对FBI的人下手！
波本真的只是黑衣组织成员吗？还有，赤井秀一到底有没有死？FBI又将如何应对危机？
这些将在波本篇后续剧情，具体为绯色篇（漫画第891话——898话，动画TV版第779——783集，拆分版第832——836集）中揭晓。
安室透制造事件，从事件中套出了卡迈尔的话，发现赤井秀一很可能没有死，并且冲矢昴很可能是赤井秀一，于是亲自去工藤家面对冲矢昴，而另一群人则去追赶茱蒂和卡迈尔。不过此时柯南已经通过安室透的表现觉察出他的身份没那么简单，原来安室透本名降谷零，真实身份是日本公安派往黑衣组织的卧底，而追赶茱蒂和卡迈尔的是日本公安的人。安室透发现工藤家的冲矢昴不是赤井秀一，而赤井秀一出现在了茱蒂和卡迈尔的车上，并直面日本公安，还和安室透通了电话，原来他们虽然都是卧底，但有过节（日本公安还曾经有另一个卧底，代号苏格兰威士忌，简称苏格兰，苏格兰在身份暴露之时选择了自杀，这个时间点赤井秀一化名诸星大，也潜入了黑衣组织当卧底，且当时在场，安室透认为是赤井秀一害了苏格兰），而安室透想抓住赤井秀一，以此博得黑衣组织的信任，从而接近黑衣组织高层；赤井秀一则提醒他，不要把目标搞错了。之前的冲矢昴是赤井秀一假扮的，他在工藤家暗中保护隔壁的灰原哀，但这次出现在工藤家的冲矢昴是工藤优作假扮的（赤井秀一之死的作假方式绝妙，这里就不剧透了，一定要我告诉你的话可以在下面的评论区留言或发私信问我）。
波本篇后续剧情的最后，红方得到情报，代号朗姆的黑衣组织二把手出动了！漫画第898话（对应动画TV版第783集，拆分版第836集）波本篇结束，同时《名侦探柯南》又无缝对接地开启了朗姆篇。
朗姆的身份神秘，特征为独眼，其嫌疑人有警视厅的警官黑田兵卫（男，警衔为警部），柯南班上的副班主任老师若狭留美（女），毛利小五郎楼下的一家寿司店的厨师胁田兼则（男），三个人都似乎在试探什么。
一个神秘少女出现了柯南周围，她被某个人称作“领域外的妹妹”，简称“领妹”，她似乎想试探柯南，又似乎在回避柯南。
而与此同时，一个1997年就被作者埋好的伏笔（虽然读者怎么看都像是作者无意中翻以前的漫画，发现这是一个可以挖掘出来的点，于是就挖掘出来了）被挖了出来，柯南和灰原哀通过某个（一度被认为是非主线人物的）人注意到了一个17年前（指的是这件事发生在《名侦探柯南》的故事开始之前17年，不是说作者17年前创作的这件事，所以不要用公元2018年或其他年份减去17年）被黑衣组织害死的人（参见漫画第945——947话，动画TV版第849——850集，海外版第904——905集），他死的时候，一个叫浅香的可疑的人下落不明，他留的死亡讯息似乎指向浅香（参见漫画第948——950话，动画TV版第861——862集，海外版第916——917集）。
另一条主线，柯南变回工藤新一之后参加了帝丹高中的修学旅行，并赶在重新变小之前向毛利兰表白；但这次旅行工藤新一还活着的信息暴露了（参见漫画第1000——1005话，动画TV版第927——928集，海外版第982——985集）！虽然工藤优作想办法将这件事压了下去，但朗姆还是注意到了；不过工藤优作随后发现了死亡讯息的真正意思——死亡讯息直指黑衣组织BOSS（参见漫画第1006——1008话，动画TV版第941——942集，海外版第998——999集）！
那么#朗姆究竟在不在那三个人之中？#三个嫌疑人的身份分别是什么？领妹是什么人？#浅香的下落如何？那个17年前被黑衣组织害死的人是怎么被注意到的？#他死的时候又发生了什么？BOSS究竟是谁？#现在黑衣组织的情况怎么样？工藤新一对毛利兰的表白有又没有成功呢？
没标#的问题在整合版有答案，标#的问题请看读者推测。
安室透和冲矢昴的身份揭晓之后，水无怜奈给赤井秀一的手机发了朗姆（RUM）的信息，而朗姆是组织二把手，特征为独眼。朗姆的身份十分隐秘，有人说此人是一个大汉，有人说此人是一个女人，有人说此人是一个老头。
有一个叫黑田兵卫的人很可疑。他是警视厅的一名警官，警衔为警视，有一定的推理能力，且独眼，且他之前曾在长野县工作并跟柯南有接触，是朗姆嫌疑人之一。
世良真纯身边出现了一个被称为“领域外的妹妹”（简称“领妹”）的少女，推力能力很强且身手不凡，身份十分可疑，且她头发是黄色的，长相跟灰原哀有几分相似。
世良真纯声称她有一个二哥，后来二哥的身份揭晓，是羽田秀吉，羽田秀吉有个叫羽田浩司的义兄，17年前去美国时卷入了一起案件，案件中黑衣组织杀害了美国资本家阿曼达休斯，并给羽田浩司灌下了A药，羽田浩司的名字出现在了A药死亡名单上（参见漫画第179话，动画TV版第129集，拆分版第138集）；案件之后阿曼达休斯的保镖浅香下落不明，且羽田浩司留下了疑似“浅香 朗姆”的死亡讯息，因此浅香十分可疑。
领妹身份揭晓，原来她是世良真纯的母亲，名叫玛丽，吃了A药变小了，现在隐藏着身份，正在想办法跟黑衣组织对抗。
赤井秀一、羽田秀吉、世良真纯的父亲叫赤井务武，十七年前疑似在跟黑衣组织的对抗中牺牲，随后玛丽、赤井秀一、羽田秀吉、世良真纯被送到日本保护了起来。赤井秀一为了调查父亲死因，去了美国，加入了美国国籍，并加入了FBI。赤井一家与英国关系密切。
一个叫若狭留美的女人到了一年B班当上了副班主任老师，并有意接触柯南和灰原哀，她看似冒冒失失，实则有不凡的推理能力，武功高强，还是独眼，她是朗姆嫌疑人之二。
毛利小五郎楼下的一家寿司店出现了一名叫胁田兼则的厨师，此人有意接触毛利小五郎；他有一定的推理能力，又是独眼，是朗姆嫌疑人之三。
黑田兵卫、胁田兼则似乎都认识若狭留美，而若狭留美和黑田兵卫疑似有过节。
帝丹高中组织修学旅行，柯南第五次恢复成工藤新一，参加了这次旅行，并向毛利兰表白，之后得到了毛利兰的回应；这次旅行遭遇案件，工藤新一参与了破案，并被媒体注意到，朗姆也发现了工藤新一可能还活着，于是催促安室透调查这件事，后来工藤优作和服部平次想办法把这件事平息了下去，但朗姆仍然不信（漫画显示黑田兵卫、胁田兼则和若狭留美都看到了工藤新一活着的消息，且胁田兼则去了阿笠博士家，疑似试探，若狭留美则通过不明渠道看到了A药死亡名单，之后安室透收到了朗姆的邮件，邮件催促他调查工藤新一，随后工藤优作和服部平次把事情平息了下去，但安室透又收到了朗姆的邮件，再次催促他调查工藤新一）。
世良真纯发现了工藤新一变成柯南的情况，并告诉了领妹。
工藤优作夫妇回到日本，和赤井秀一商谈之后发现羽田浩司留下的死亡讯息不是“浅香 朗姆”，而是“乌丸”，由此可见乌丸莲耶是组织BOSS。工藤优作决定留在日本帮助柯南对抗组织。
安室透回忆起小时候的情况，原来宫野厚司是个科学家兼医生，和妻子宫野艾琳娜（剧情交代她是混血）开了一家诊所，宫野厚司想从事他的研究，但他们的收入不足以实现这一点，而此时乌丸集团愿意赞助宫野厚司，于是宫野厚司决定带着妻子和女儿一起投奔乌丸集团（这个时间节点是宫野艾琳娜怀宫野志保怀到三个月时，此外还有一个细节——宫野艾琳娜的姐姐说乌丸集团不可靠）。
安室透又发现了冲矢昴为赤井秀一假扮的线索，于是持枪上门，跟赤井秀一对峙，被工藤优作阻止。
截止到第1012话的主要剧情就是这些，次要剧情包括服部平次和远山和叶的恋情进展（服部平次几次想向远山和叶表白都由于种种原因没有实现，有一个叫大冈红叶的富家小姐暗恋服部平次，于是在她的管家伊织无我的帮助下涉足服部平次和远山和叶的感情）、高木涉和佐藤美和子的恋情进展、妃英理被绑架并威胁拍裸照（最终被柯南救下）等。
第1012话之后内容请看末尾。
以上为整合版。
本回答开始只有整合版，而有些人觉得整合版仍然很长，所以我给出了浓缩版。浓缩版算上标点符号也只有800多字，和一篇高考作文的长度差不多，且不是学术论文也不是文言文，关键地方我又注上了黑体字，最重要的是已经没有可去的内容了，所以再嫌长我就无能为力了。
以下为浓缩版，建议看的时候在纸上写下新人物的名字，用箭头标注人物关系，不然容易看乱了。
赤井秀一疑似牺牲后，红方得到情报，黑衣组织有一个代号波本的人开始了行动。
波本嫌疑人有自称大学研究生，住进了工藤家的冲矢昴，自称从美国留学归来，转到毛利兰班上的女高中生世良真纯，在小五郎楼下咖啡馆打工的安室透，三个人都有可疑举动。
后来波本的身份在铃木号特快列车上揭晓，原来是安室透，而世良真纯是赤井秀一的妹妹。
黑衣组织打算在列车上杀害灰原哀，灰原哀被红方救下。
后来冲矢昴的身份揭晓，是假死、隐藏身份的赤井秀一；而安室透更深一层的身份揭晓，原来他本名降谷零，是日本公安派往黑衣组织的卧底；他和赤井秀一有过节，但决定暂时放下过节，一起对付黑衣组织。
红方又得到情报，黑衣组织二把手朗姆出动了。朗姆的身份神秘，特征为独眼，其嫌疑人有警视厅的警官黑田兵卫，柯南班上的老师若狭留美，小五郎楼下的一家寿司店的厨师胁田兼则；三个人都似乎在试探什么，且互相有神秘的历史关系。
世良真纯还有个二哥，叫羽田秀吉，羽田秀吉有个义兄叫羽田浩司，17年前被黑衣组织灌下A药死去，他的名字出现在了A药死亡名单上（参见漫画第179话，动画TV版第129集，拆分版第138集）；案件之后一个叫浅香的人下落不明，且羽田浩司留下了疑似“浅香 朗姆”的死亡讯息，因此浅香十分可疑。
世良真纯身边出现了一个被称为“领妹”的神秘少女，原来她是赤井秀一、羽田秀吉和世良真纯的母亲，吃了A药变小了，现在隐藏着身份，正在想办法对抗黑衣组织；赤井秀一的父亲叫赤井务武，疑似多年前被黑衣组织杀害。
新兰感情线，柯南在某山村第三次恢复成工藤新一，但没来得及向毛利兰表白就变了回去；后来又在伦敦第四次恢复并向毛利兰表白，但没有得到回应；后来帝丹高中组织了修学旅行，柯南第五次恢复并参加了旅行，向毛利兰表白并得到了回应；但这次旅行暴露了工藤新一还活着的消息，并且被朗姆注意到了。
工藤优作回到日本，推理出羽田浩司留下的死亡讯息是“乌丸”，因此乌丸莲耶是黑衣组织BOSS。
安室透回忆他小时候的情况，宫野夫妇（灰原哀的父母）想研究某个神秘药物，在得到了乌丸集团的支持之后投靠了乌丸集团（乌丸集团是黑衣组织的正式名称）。
内容截止到第1012话，之后内容请看末尾，我会在每一个系列结束之后补充该系列的内容。
以上为浓缩版，以下基本上是读者猜测（有些问题读者有不同猜测），按靠谱指数由高到低排列如下（涉及剧透，慎看）：
领妹是宫野艾琳娜的姐姐，两个人是日英混血。（第1049话证实）
领妹是英国军情六处的人。（第1037话证实）
詹姆斯认识领妹和世良真纯，并在赤井务武出事之后保护她们，羽田秀吉则被送到了羽田家。
胁田兼则是黑衣组织成员。（第1066话证实）
若狭留美是浅香。（第1109话证实）
若狭留美曾经是羽田浩司的女朋友。（从第1106话到1109话的表现看，两个人还算不上男女朋友，不过确实相互有好感）
莎朗·温亚德是因为服用过某种神秘药物停止衰老的，该药物可能是A药的早期版本。
板仓卓和贝尔摩德通电话时，贝尔摩德身边有BOSS或朗姆。
世良真纯是在柯南去伦敦时注意到柯南，因此决定去日本的。（第1050话证实）
黑衣组织企图杀害土门康辉表面上完全是针对土门康辉，然而其真正目的是为了让跟土门康辉竞争议员位置的常盘荣策或千头顺司当选，而常盘荣策或千头顺司（倾向于常盘荣策）是黑衣组织成员。
羽田浩司案的死亡讯息是若狭留美布置的，真实的案发现场是羽田浩司手里拿着一枚将棋；若狭留美拿走了将棋，并留下了“乌丸”的“死亡讯息”。（若狭留美拿走了将棋是真的，其他排除）
乌丸莲耶只是黑衣组织创始人，黑衣组织现在的BOSS已经不是乌丸莲耶了。
赤井务武没有死。
胁田兼则是朗姆。（第1066话证实）
第1090话出现的戴呼吸机的无名老人是羽田浩司的父亲羽田康晴。
黑衣组织一直在研究长生不老药，但研究之后发现研究出来的药（APTX4869）有毒，所以一直在给人下药，并观察对方有没有死，以此找到没死的人作为研究对象。
伊织无我表面上的身份是大冈红叶的管家，实际身份是药品管制官（职责是管制毒品或其他违禁药品），现在负责追查APTX4869。
黑田兵卫是假死、换身份的赤井务武。（已排除）
浅香曾经是黑衣组织成员，因为羽田浩司之死背叛了黑衣组织。（已排除）
浅香这个名字是假的，是黑衣组织编出来误导红方的。（已排除）
胁田兼则是黑衣组织其他成员（非朗姆）。（已排除）
赤井务武曾经出现在阿曼达休斯被杀现场。（已排除）
领妹曾经出现在阿曼达休斯被杀现场。（已排除）
詹姆斯曾经出现在阿曼达休斯被杀现场。（已排除）
詹姆斯是黑方，是黑衣组织派往FBI的卧底。
红与黑篇中卡迈尔提到的那个试探他的无名老人（黑衣组织成员，装作无辜路人试探FBI）才是朗姆。（第1066话证实）
詹姆斯才是朗姆。（已排除）
植松龙司郎才是朗姆。（已排除）
弓长警部才是朗姆。（已排除）
一些重要伏笔：
毛利小五郎和妃英理目前都对工藤新一保持警惕。
灰原哀曾提过的组织半个世纪前开始的计划。
灰原哀裸背门。
人鱼岛事件中，柯南手上的名单出现了宫野志保的名字，服部平次手上的名单出现了一个疑似降谷正晃的名字，可能和安室透有关。
贝尔摩德和琴酒的对话有性暗示内容，他们可能有你们懂得的男女关系。
黑衣组织Boss的邮箱地址伏笔（有人认为只有有酒名代号的人知道，因此在杯户医院通过这个邮箱和Boss联系的另有其人，不是楠田陆道；也有人认为作者已经放弃了邮箱伏笔）。
宫野明美给赤井秀一的手机邮件后面柯南有重要内容。
宫野艾琳娜给宫野志保的19岁录音带可能隐藏着重要秘密。
赤井秀一把楠田陆道自杀时用的枪交给了日本公安，让他们调查；那把枪可能来自日本公安/警视厅内部人员。
波本知道贝尔摩德的秘密，该秘密在组织中很少有人知晓，并且这可能是关于贝尔摩德和BOSS的关系的秘密。
灰原哀曾回忆道组织其实让她研制的是其他药物，但没有跟柯南说。
灰原哀和赤井秀一有暧昧。
猜测和伏笔分析的来源包括名侦探柯南事务所论坛、百度柯南吧、百度米花学园吧、知乎、bilibili等，部分猜测和伏笔分析的出处如下（不都是原始出处，且有些猜测和伏笔分析的出处已无从考证，如有需要可在评论区留言，我会补注出处）。
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《名侦探柯南》里，宫野志保（灰原哀）可曾与琴酒有过超脱寻常的感情纠葛？
此外，鸣谢 http://www.zhihu.com/people/mi-lu-93-47/activities 对部分伏笔的提醒，鸣谢 @娶妻生子 和 @lllll1 对两处笔误的指正。
新人物及部分老人物关系图：
说明：
1.红方人物用红色表示，黑方人物用黑色表示，有不同身份的人红方身份、黑方身份分别用红色、黑色表示，目前身份不明的人物当中疑似红方人物、疑似黑方人物分别用紫色、蓝色表示，其他人物用青色表示，确定已死人物加注“**”，疑似已死人物加注“*”。
2.箭头表示人物关系，比如“羽田浩司→（义兄）羽田秀吉”表示羽田浩司是羽田秀吉的义兄，人物和黑衣组织关系用黑色箭头表示，其他关系用绿色或黄色箭头表示（赤井秀一曾经是黑衣组织卧底，这点没有地方画箭头了）。
以下为推荐看的动画集数，数字标注为TV版集数、拆分版集数、对应漫画话数；分一级推荐（主线高潮）、二级推荐（主线小高潮）、三级推荐（有串联主线的其他重要剧情）、基德支线、服部和叶支线、警视厅恋爱支线、园子京极支线、妃毛支线、秀哀支线、其他推荐十部分统计；有些篇章在主线、支线中的地位都比较重要，或不止在一条支线中的地位比较重要，或既在主线/支线中的地位比较重要又有其他重要看点，所以有重复列举；鸣谢【初步更新至第773集】《名侦探柯南》动画主线及其他重要剧情汇总 - 事务所主论坛 - 名侦探柯南事务所 - Powered by Discuz! 的作者。
一级推荐（主线高潮）：
伦敦篇（616——621、667——672、743——751）。看点：1.柯南飞往伦敦，第四次恢复成工藤新一；2.工藤新一向毛利兰表白。
列车篇（701——704、753——756、818——824）。看点：1.黑衣组织准备对灰原哀下手，红方如何救灰原哀；2.黑衣组织成员波本身份揭晓；3.冲矢昴、世良真纯、安室透分别是什么身份；4.证实当初和板仓卓通话的女人是贝尔摩德；5.灰原哀回忆自己的母亲给自己留的录音带中说自己要研制神秘药物银色子弹。
绯色篇（779——783、832——836、891——898）。看点：1.波本的深层次身份揭晓；2.赤井秀一回归，并将楠田陆道自杀用的枪交给了日本公安；3.波本说自己知道贝尔摩德的秘密；4.黑衣组织二把手朗姆出动。
修学旅行篇（927——928、982——985、1000——1005）。看点：1.柯南第五次恢复成工藤新一，参加修学旅行；2.工藤新一向毛利兰表白并得到回应；3.黑田兵卫、胁田兼则、若狭留美知道了工藤新一还活着的消息（动画版改在了寻找玛利亚篇）；4.世良真纯和领妹知道了柯南是工藤新一；5.工藤优作向大家展现了什么叫姜还是老的辣；6.仓木麻衣出场（仅限于动画版）。
寻找玛利亚篇（941——942、998——999、1006——1008）。看点：1.工藤优作回到了日本，并发现了黑衣组织BOSS的真实身份；2.工藤新一确认和毛利兰正式确立恋爱关系；3.朗姆开始打探工藤新一的消息。
黑衣组织的谋略篇（1077——1079、1135——1137、1061——1066）。看点：1.又一次红黑对决，黑衣组织大开杀戒，杀了7名FBI；2.柯南和赤井秀一如何帮卡迈尔逃生；3.卡迈尔和伏特加的灾难表现对决；4.两年前在仓库试探赤井秀一的老人的身份；5.朗姆的身份。
二级推荐（主线小高潮）：
卡拉OK厅的死角篇（507——508、554——555、619——621）。看点：1.本堂瑛佑故意在柯南面前说自己要追求毛利兰，使得柯南对他说出了自己的身份；2.本堂瑛佑返回美国；3.红方得到了波本出动的情报。
红白黄篇（509——510、556——557、622——624）。看点：1.冲矢昴出场，自称大学研究生，侦探能力很强；2.冲矢昴住进了工藤家。
死罗神篇（521——523、646——652、570——575）。看点：1.柯南第三次恢复成工藤新一；2.主角团队在面临工藤新一可能是犯人时怎么办；3.新兰感情进展。
侦探团VS强盗团篇（563——564、614——615、677——679）。看点：1.波本扮成伤疤赤井出现，试探FBI；2.茱蒂和赤井秀一曾经是恋人。
黑色13篇（578——581、629——632、700——704）。看点：1.波本再次扮成伤疤赤井出现，试探FBI；2.黑衣组织怀疑水无怜奈打死赤井秀一的事情有假，琴酒等着试探结果，准备随时杀死水无怜奈，最后放下了枪。
幽灵旅馆篇（646——647、697——698、768——770）。看点：1.世良真纯出场，自称从美国归来，展现了一定的推理能力；2.世良真纯转到了毛利兰的班上。
婚礼前夜篇（667——668、718——719、793——795）。看点：1.安室透出场，自称侦探，展现了一定的推理能力；2.安室透拜毛利小五郎为师；3.有情人终成兄妹的悲催案件。
赤女篇（754——756、807——809、872——875）。看点：1.世良真纯提到她家的情况，并说她有一个二哥；2.领妹以世良真纯手机中的照片的形式出场。
县警的黑暗篇（810——812、865——867、913——917）。看点：黑田兵卫出场，展现了推理能力，并且有意接近柯南。
结婚申请表密码篇（849——850、904——905、945——947）。看点：通过灰原哀的回忆牵出17年前的羽田浩司案。
案发现场剪刀篇（861——862、916——917、948——950）。看点：1.柯南和冲矢昴调查17年前的羽田浩司案，推理羽田浩司的死亡讯息，发现案件疑似与朗姆有关；2.灰原哀说自己其实通过父母的烧剩下的资料把药重新制作出来的，并回忆组织其实是让她研制其他药物；3.神秘人物浅香以网络资料的形式出场。
密码棒暗号篇（889——890、944——945、969——971）。看点：若狭留美出场，深藏不露，形迹可疑。
涟漪篇（881——882、936——937、972——974）。看点：1.世良真纯、羽田浩司、领妹是什么关系；2.赤井务武以回忆的形式出场，赤井秀一为调查他的下落而去了美国。
寿司店推理秀篇（894——895、949——950、975——977）。看点：胁田兼则出场，形迹可疑。
黑兔亭篇（952——954、1009——1011、1009——1012）。看点：1.黑衣组织正式名称出现；2.安室透对宫野夫妇加入黑衣组织的情况的回忆；3.安室透和赤井秀一的对决。
京极真替身篇（993——995、1050——1052、1022——1026）。看点：1.世良真纯接触柯南，发现柯南恢复成工藤新一的事与灰原哀有关；2.世良真纯回忆领妹变小的经历；3.灰原哀回忆自己的父母加入黑衣组织的情况。
遭天谴的生日宴篇（1045——1046、1102——1103、1047——1050）。看点：1.玛丽（领妹）是如何被黑衣组织灌下A药变小的；2. 贝尔摩德和玛丽亲嘴；3.领妹和世良是如何得知柯南身份的；4.世良真纯偷药失败。
三级推荐（有了一二三级推荐就能把主线剧情大致串起来了）。
赤壁篇（558——561、609——612、682——686）。看点：诸伏高明出场。
侦探事务所挟持事件篇（648——650、699——701、771——774）。看点：1.世良真纯打探工藤新一的消息；2.工藤新一和毛利兰心有灵犀的配合；3.毛利兰有争议的拉窗帘事件。
东西侦探推理对决篇（651、702——703、778——780）。看点：1.世良真纯进一步打探工藤新一的消息，似乎怀疑柯南是工藤新一；2.詹姆斯疑似认识世良真纯。
侦探们的夜想曲篇（671——674、723——726、796——800）。看点：1.安室透打探毛利小五郎的消息。2.柯南被绑架，冲矢昴、世良真纯、安室透等人集体出动救柯南；3.贝尔摩德和波本通话。
工藤优作的未解决事件篇（690——691、742——743、812——814）。看点：1.冲矢昴和世良真纯打探工藤新一的消息。2.明确信息表明冲矢昴最迟从这个篇章开始知道了柯南是工藤新一。
逼近灰原秘密的黑影篇（699——700、751——752、815——817）。看点：1.灰原哀第二次恢复成宫野志保（猜猜恢复之后柯南问她的第一个问题是啥）；2.包括波本在内的冲矢昴、世良真纯、安室透三人得知宫野志保要搭乘铃木号特快列车。
现场的邻居是前男友篇（731——732、783——784、847——849）。看点：将棋手羽田秀吉出场。
茱蒂樱花篇（734、786——787、850——852）。看点：波本、贝尔摩德和茱蒂接触。
恋爱小说篇（759——760、812——813、876——878）。看点：领妹形迹可疑。
水族馆篇（772——773、825——826、882——884）。看点：毛利兰回忆当初为什么会和工藤新一去游乐园。
茶会篇（770——771、823——824、888——890）。看点：1.安室透无意中透露了自己的外号“零”；2.安室透回忆自己小时候认识宫野艾琳娜；3.波本发现楠田陆道的死有蹊跷。
三个第一发现人篇（792——793、845——846、906——908）。看点：灰原哀回忆朗姆的特征为独眼。
博客女演员篇（814——815、869——870、918——920）。看点：黑田兵卫调任警视厅刑事部搜查一课的管理官。
樱花班回忆篇（853——854、908——909、921——924）。看点：工藤新一4岁时是如何认识并对毛利兰有好感的。
灵魂侦探篇（863——864、918——919、951——953）。看点：1.柯南对灰原哀的有关药的表述感到疑惑；2.领妹展现了推理能力和身手，但一直躲着柯南，形迹可疑；3.琴酒说17年前的羽田浩司案是朗姆的失误，并再次怀疑毛利小五郎。
背叛的舞台篇（866——867、921——922、954——957）。看点：1.冲矢昴和安室透的恩怨；2.苏格兰威士忌的死亡真相；3.贝尔摩德和毛利兰一言难尽的关系。
试衣间篇（878——879、933——934、966——968）。看点：柯南意识到自己多年前见过世良真纯，并发现世良真纯来自英国而不是美国。
纯白手掌篇（896——897、951——952、978——980）。看点：1.若狭留美仍然有可疑举动；2.黑田兵卫、胁田兼则似乎都认识若狭留美。
燃烧帐篷篇（909——910、964——965、987——989）。看点：黑田兵卫和若狭留美接触，两个人都有黑化表现，并且彼此敌视。
剑道大赛篇（916——917、971——972、990——993）。看点：为修学旅行篇做铺垫。
秘密咖啡店篇（919——920、974——975、994——996）。看点：同上。
手机挂坠篇（925——926、980——981、997——999）。看点：1.同上；2.灰原哀表现出小女孩的一面。
女交警遇害篇（971——974、1028——1031、1013——1017）。看点：黑田兵卫与安室透的接触，疑似安室透的上级。
妖精之唇篇（983——984、1040——1041、1018——1021）。看点：1.诸付高明与苏格兰威士忌的关系；2. 安室透、苏格兰威士忌、伊达航、松田阵平和萩原研二的历史关系。
古董盘篇（1018——1020、1075——1077、1035——1038）。看点：1.世良真纯试探柯南和灰原哀，谋求解药；2. 当初领妹（怀着世良）、赤井秀一、羽田秀吉为什么要离开应该去日本；3.领妹的身份；4.世良真纯知道了冲矢昴的身份。
掉入牧场的火种篇（1053——1054、1110——1111、1051——1054）。看点：1.若狭留美有一枚将棋棋子，是从羽田浩司案带出来的；2. 若狭留美接触安室透。
冲野洋子和阁楼的密室篇（1059——1060、1116——1117、1055——1057）。看点：1.胁田兼则上门试探毛利小五郎；2.柯南和胁田兼则一起推理案件，暴露了工藤新一还活着的信息；3.安室透和榎本梓有暧昧。
工藤优作的推理秀篇（1071——1072、1128——1129、1058——1060）。看点：1.贝尔摩德装作基德扮成工藤优作，上工藤家试探工藤夫妇；2.工藤优作认为组织接下来要有大动作了。
基德篇章：
瞬间移动魔术篇（515、562——563、631——634）；铁狸篇（537——538、588——589、674——676）；麒麟角篇（586——587、637——638、712——715）；龙马宝物篇（627——628、678——679、731——733）；列车篇（701——704、753——756、818——824）；赤面人鱼篇（724——725、776——777、828——830）；木神篇（887——888、942——943、963——965）；妖精之唇篇（983——984、1040——1041、1018——1021）；基德对安室透篇（？、？、1076——1078）。看点：柯南和基德的较量。
服部和叶篇章（只考虑跟服部和叶感情线关系较大的篇章）：
风林火山篇（516——517，564——566，613——618）；护身符去向篇（573——574、624——625、693——695）；毒与幻的设计篇（652——655、704——707、781——786）；僵尸别墅篇（830——832、885——887、931——935）；鵺传说篇（872——874、958——960、958——962）；在波洛咖啡店解谜篇（885——886、940——941、981——983）；剑道大赛篇（916——917、971——972、990——993）；修学旅行篇（927——928、982——985、1000——1005）；妖精之唇篇（983——984、1040——1041、1018——1021），大冈红叶的挑战书篇（1024——1025、1081——1082、1039——1042），门锁篇（？、？、1088——1090）。看点：1.服部平次数次想向远山和叶表白都悲催地被各种状况搅局（被案件搅局、被怪盗基德搅局、被大冈红叶和伊织无我搅局等）；2.有一个叫大冈红叶的富家小姐暗恋服部平次，于是在她的管家伊织无我的帮助下涉足服部平次和远山和叶的感情。
警视厅恋爱篇章：
初恋的伤痕篇（532——535、583——586、667——673）；命悬一线的恋爱转播篇（681——683、733——735、804——808）；恋爱物语篇10（748——749、801——802、869——871）；松田篇（？、？、1085——1087）。看点：高木涉警官和佐藤美和子警官的恋情。
白鸟回忆篇（568——569、619——620、687——689）；白鸟小林篇（583——585、634——636、705——708）。看点：白鸟任三郎警官和小林澄子老师的恋情。
现场的邻居是前男友篇（731——732、783——784、847——849）；太阁名人篇（785——786、838——839、899——902）；结婚申请表的密码篇（849——850、904——905、945——947）；太阁名人的将棋盘篇（1033——1035、1090——1092、1043——1046）。看点：棋手羽田秀吉和宫本由美警官的恋情。
初恋的视频信件篇（624、675、741——742）；与初恋的共同搜查篇（659——660、711——712、790——792）；女交警遇害篇（971——974、1028——1031、1013——1017）。看点：千叶和伸警官和三池苗子警官的恋情。
园子京极篇章：
嫌疑人是京极真篇（744——745、797——798、859——861）；怪盗基德VS京极真篇（746——747、799——800、862——864）；京极真替身篇（993——995、1050——1052、1022——1026）。看点：铃木园子和京极真的恋情。
妃毛篇章：
律师妃英理的证词篇（505——506，552——553，610——612）；以柔制谜篇（528——529，579——580，643——645）；最糟糕的生日篇（589—590、640——641、709——711）；茶会篇（770——771、823——824、888——890）；妃英理SOS篇（901——902、956——957、984——986）。看点：毛利小五郎和妃英理能否和好。
秀哀篇章：
一角岩篇（542——543、593——594、664——666）；泡沫、蒸气与烟篇（684——685、736——737、809——811）。看点：赤井秀一和灰原哀的暧昧。
其他：
侦探事务所挟持事件篇、婚礼前夜篇、手机挂坠篇、修学旅行篇、黑衣组织的谋略篇（看点见上文）。
蒸汽密室篇（597——598、648——649、722——724）。看点：1.柯南漏屁股；2.灰原哀教训柯南。
一点都不原谅篇（675——676、727——728、801——803）。看点：作者的三观问题。
大家都看见了篇（710——711、762——763、831——833）。看点：拿读者当傻子的犯案手法。
香甜冰冷的快递篇（722——723、774——775、841——843）。看点：灰原哀露内裤。
小五郎在酒吧里篇（738——739、791——792、853——855）。看点：以毛利小五郎的视角看待柯南用麻醉毛利小五郎的方法推理的案件。
嫌疑人是热恋情侣篇（822——823、877——878、925——927），看点：在冲野洋子和比护隆佑疑似恋爱，又都被当成嫌疑人的情况下，毛利小五郎和灰原哀有何表现。
妃英理SOS篇（901——902、956——957、984——986）。看点：1.犯人绑架妃英理企图拍裸体视频，柯南、毛利小五郎和毛利兰如何救她；2.毛利兰再次怀疑柯南身份。
第1013——1017话重要剧情：
千叶确认苗子是自己青梅竹马的女孩。
黑田兵卫用上级对下级说话的口吻跟安室透通电话，且管安室透叫“波本”，安室透则回忆了他想杀赤井秀一结果被工藤优作阻止的情况。
第1018——1021话重要剧情：
怪盗基德出现，服部平次想先抓住基德再向远山和叶表白，结果被基德搅局，计划失败。
长野县的诸伏高明警官（外号孔明，推理能力很强，爱说文言文，曾是黑田兵卫的下属）来东京取走了他弟弟景光的遗物——一部被弹孔打穿的手机。原来诸伏高明是苏格兰威士忌的哥哥（诸伏景光是安室透的好友和警校同学，曾潜入黑衣组织当卧底，获得了代号苏格兰威士忌，他身份暴露时一枪打穿自己的手机和心脏，自杀的同时破坏了联络信息，安室透认为当时也潜入黑衣组织当卧底的赤井秀一对他的死有责任，因此记恨赤井秀一）。
第1022——1026话重要剧情：
世良真纯有意探听柯南和工藤新一的关系，发现柯南变回工藤新一的药与灰原哀有关。
在世良真纯的回忆中，玛丽是去英国找赤井务武，回来时变成了小女孩（此时世良真纯是青年女性状态）。
在灰原哀的回忆中，宫野厚司夫妇原本是白鸠制药公司的成员，白鸠公司25年前倒闭；此外，灰原哀的回忆中出现了乌丸莲耶。
另：作者访谈透露，朗姆就在黑田兵卫、若狭留美、胁田兼则当中。
第1027——1031话重要剧情：
柯南、毛利小五郎、安室透、胁田兼则去长野县参加活动，胁田兼则对安室透提到了“叛徒”，似乎话中有话。
诸伏高明疑似认出了安室透，之后黑田兵卫一个电话打来（说了什么不详），诸伏高明没有跟安室透交谈。
安室透告诉柯南，朗姆是个急性子。
第1032——1034话重要剧情：
若狭留美登场，很痛苦地回忆起羽田浩司。回忆中羽田浩司拿着将棋棋子说“这样的话还想杀我吗”，之后倒地，嘴角流血死去。
第1035——1038话重要剧情：
领妹让世良真纯接触灰原哀，打探解药的事，冲矢昴则保护灰原哀。
冲矢昴告诉柯南，他不想让妹妹卷入到危险的事件中，所以对世良真纯瞒着身份（此时赤井一家五口当中，赤井务武下落不明，其他四个人除领妹和世良真纯在一起之外，赤井秀一、羽田秀吉都是单独活动）。
冲矢昴回忆，当初他赤井务武受羽田先生委托去美国调查羽田先生的儿子羽田浩司之死，期间得罪了恶势力，于是他把赤井玛丽（后来的领妹，这个时间点她正怀着女儿，即后来的世良真纯）、少年赤井秀一、少年赤井秀吉（后来的羽田秀吉）仓促送到了日本。
柯南意识到领妹是英国军情六处的人。
世良真纯知道了冲矢昴是赤井秀一。
第1039——1042话重要剧情：
大冈红叶在她的管家伊织无我的帮助之下再次追求服部平次，再次失败。
服部平次想向远山和叶表白，被大冈红叶、伊织无我搅局，再次失败。
伊织无我注意到了柯南（接下来有可能发现柯南的真实身份）。
柯南意识到羽田浩司是个富家公子（作者真是挤牙膏，主线剧情在这四话中就进展了这点）。
第1043话——1046话重要剧情：
在一次将棋手之间的杀人案中，羽田秀吉遇到了危险，跟工藤夫妇住在一起的赤井秀一真身出马，与柯南配合救下秀吉，并让卡迈尔出面帮自己善后。
根据这几话，羽田秀吉有一部单独联系赤井秀一的手机；宫本由美对羽田秀吉的家人的情况一无所知；羽田秀吉对母亲的情况一无所知。
第1047话——1050话重要剧情：
领妹和世良真纯回忆，变小之前的玛丽是听MI6的同事说赤井务武在MI6总部附近活动，于是和世良去伦敦，并让世良留在酒店，自己去MI6总部外的沃克斯霍尔桥找务武；然而那个务武为贝尔摩德假扮，贝尔摩德的同伙用枪控制住玛丽，贝尔摩德则用嘴给玛丽灌下A药（根据贝尔摩德的表述，药是玛丽的妹妹做的，这坐实了玛丽是艾莲娜的姐姐这一点，并且贝尔摩德还说黑衣组织打算往MI6派卧底），玛丽落水之后逃生，随后变成了少女，并咳嗽不止，回到酒店；当天玛丽和世良在电视上看到温网女单决赛上的柯南，并发现他的长相和十年前她们在海滩上遇到的工藤新一一样，并且托玛丽在MI6的同事查明，身为高二学生的工藤新一乘飞机来了伦敦，于是她们意识到工藤新一也吃了A药变小了，并且他有解药，这才回到日本并有意接触柯南。
世良真纯和柯南去参加同一个活动，世良发现柯南带着A药的解药，于是下手偷药；然而柯南有防备，世良偷药失败。
第1051话——1054话重要剧情：
若狭留美带着少年侦探团去野外参加一个活动，遇到安室透，原来风见裕也（安室透在日本公安的手下）被人困住了，安室透要去救他。一行人跟犯人进行一番斗争，战胜了犯人。这个过程中风见管安室透叫“降谷”，被若狭听到了；若狭丢失了她随身携带的将棋，被安室透捡到，制服犯人之后若狭在黑暗环境中打晕了安室透，拿回了将棋。
重要细节包括若狭疑似认识安室透，安室透当公安之前在警校知道羽田浩司之死，也见过那枚将棋的图片，安室透被打倒之后竟然不知道自己是被打倒的。
第1055话——1057话重要剧情：
胁田兼则带着寿司来找毛利小五郎，遇到冲野洋子带着案子求助；此时毛利小五郎在厕所里，无法参与案子，柯南则在胁田兼则面前搞起了推理，和胁田一起解决了案子。
案件中毛利小五郎用暗号向柯南求助，暗号被柯南破解，而柯南在解决案件时展现了与其年龄不相符的推理能力，被胁田注意到；柯南在胁田面前说是工藤新一教给他相关知识的。
胁田在案件解决之后提到了不见了的将棋，疑似试探柯南。
安室透看了手机，手机上有上次若狭留美和小林老师同框的照片，照片是谁在什么时候拍的不明；榎本梓（跟安室透一起打工的店员，也是常驻人物）问了一句“这是你女朋友吗”，显得有些醋意。
第1058话——1060话重要剧情：
工藤优作跟电视台约好录节目，朗姆则让贝尔摩德去调查工藤优作。贝尔摩德先想办法让工藤夫妇食物中毒，然后假扮工藤优作，对柯南声称自己是基德，上工藤家替工藤优作录节目，以此试探工藤夫妇；然而工藤夫妇食物中毒是装的，为的是迷惑黑衣组织。
琴酒、伏特加亮相，接走了贝尔摩德。
工藤优作认为组织接下来要有大动作了。
第1061——1063话重要剧情：
贝尔摩德截获并破获了FBI的暗号，琴酒、伏特加、基安蒂、科恩集体出动，对FBI大开杀戒，杀了七名FBI！
案发现场被柯南发现，琴酒要杀柯南（认为他是个撞进案发现场的路人小孩）时被负责放风的水无怜奈找借口阻止。
FBI躲进了工藤家，柯南发现暗号过于简单，容易被破解，于是用暗号接头的人被发现并杀害；FBI决定故意发出假的暗号叼黑衣组织上钩，然后埋伏好歼灭黑衣组织，不料在背后指挥的朗姆发现了假暗号的问题，于是黑衣组织将计就计，打伤FBI负责埋伏的人和假装去接头的卡迈尔；琴酒追击卡迈尔的时候工藤优作发现了问题所在，并指挥卡迈尔逃生成功。
科恩看到卡迈尔时感觉自己似乎在哪里见过他（卡迈尔把水无怜奈送回组织时假装被杀了，所以水无怜奈认为，如果科恩回忆起他，那么她的卧底身份久暴露了）。
第1064——1066话重要剧情：
卡迈尔逃到了一个海岛上，朗姆和工藤优作都推理出了岛的位置，于是琴酒一行上岛搜寻卡迈尔，柯南和赤井秀一来到海边隔着海与岛上的卡迈尔联络；伏特加在跟基安蒂对话时说朗姆是个胡编乱造的名字，朗姆的三个形象是假的，被卡迈尔听到；后来卡迈尔逃到海边，在柯南和赤井秀一的帮助下假死并跳海逃生成功。
科恩回忆了起来，他是两年前看到了朗姆给他的卡迈尔的照片，才认出来那个人是FBI的（不是送水无怜奈回黑衣组织的计划中看到的），原来两年前去仓库试探赤井秀一，使得卡迈尔不小心暴露了赤井秀一卧底身份的那个无名老人是朗姆假扮的，朗姆事后给科恩看了卡迈尔的照片，让他除掉卡迈尔。
朗姆身份揭晓：胁田兼则是朗姆（不过画面中只有朗姆坐着劳斯莱斯，扮成胁田之前的模样去寿司店打工的情节，红方暂时不知道这一点）。
第1067——1069话重要剧情：
FBI大部分成员在上一话的事件之后被送回了美国。
服部平次又一次想表白，但被案件耽误没有成功。
柯南跟服部平次谈起胡编乱造的名字，问他有什么看法；服部平次想到了怪盗基德化名土井塔克树。
第1070——1072话重要剧情：
帝丹小学的三名毕业生回学校搞同学会，柯南和灰原哀从这件事得知宫野明美曾经是帝丹小学的学生，而且受人喜欢。那三名毕业生通过宫野明美看过宫野志保小时候的照片，并认出了灰原哀是宫野志保，随后又否定了（理由是这么多年过去了，照片上的那个小女孩肯定长大了，这是不是伏笔不详）。柯南找到了宫野明美留下的时间胶囊，里面藏着对大家的祝福。
胁田兼则来帝丹小学送寿司，隔着墙触发了灰原哀的雷达反应（进一步坐实了胁田是朗姆的结论）；但柯南没有发现胁田。
警校特别篇（《名侦探柯南》的番外篇）重要剧情：
萩原研二、松田阵平、诸伏景光、伊达航和降谷零（安室透原名）是警校同学，他们各有所长，其中降谷零擅长射击，综合实力最强。
松田阵平擅长拆装物品，他的父亲是拳击手，他曾经认为是警察有耽误了他父亲的拳击生涯，加入警校是为了打警视总监。后来警校五人组遇到了一次突发状况，解决这件事之后，他改变了心态，决定当好警察。
伊达航力气大，有大哥气质，是班长，他的父亲曾经是警察，在一起案件中负伤，之后辞职，他则认为他父亲是个没用的警察，后来警校五人组遇到了和当初的案件相似的案件，五人解决案件之后伊达航消除了误解。
萩原研二和松田阵平是发小，他的特长是车技，并利用车技开着佐藤家的马自达（佐藤美和子的父亲佐藤正义也是警察，前面的剧情曾交待他牺牲，他生前有一辆马自达，暂被警校保管，日后交给佐藤美和子）带领其他四人在一次交通意外事故中救人成功。
诸伏景光擅长乐器，正义感十足。景光有一个哥哥叫诸伏高明，诸伏高明、大和敢助和上原由衣都是长野县的警察并称长野县三人组，是《名侦探柯南》中警察智力水平的巅峰，而大和敢助和上原由衣是官方CP。诸伏兄弟的父母在景光很小的时候被杀害，小景光留下了心理阴影，并被送到了东京，结识了降谷零，并为了抓住凶手而选择了当警察；后来案件被警校五人组解决，景光也走出了心理阴影。
他们毕业的时候，佐藤美和子（比他们低一级）也参加了毕业典礼，并见到了降谷零以及那辆马自达。降谷零由于这辆车的原因，日后也选择了马自达。
后来萩原研二和松田阵平相继在爆炸案中牺牲（见TV版304集，拆分版326——329集，漫画369——373话），伊达航和高木涉关系很好，在解决一起案件时遭遇车祸牺牲（案件尚未解决），临终前留下了笔记本；诸伏景光和降谷零当了日本公安警察（这里解释一下，日本的公安警察负责日本国家安全工作，跟一般的警察不一样），一起打入了黑衣组织当卧底，诸伏景光获得了苏格兰威士忌的代号，后来身份暴露自杀，而降谷零认为这件事当时在场的赤井秀一（也是卧底）有责任（见TV版681——683集，拆分版733——735集，漫画804——808话）现在警校五人组只有安室透（降谷零）还活着。
第1073——1075话重要剧情：
阿笠博士被绑架，萩原研二的姐姐萩原千速（也是警察）出场，展现了惊人的车技，带着柯南救了阿笠博士。
横沟重悟警官说千速是通过东都电视塔爆炸事件认识柯南的，她感谢柯南为她弟弟报仇。
横沟重悟和萩原千速有凑CP的可能。
第1076——1078话重要剧情：
基德出场，这次是和安室透对决，对决中安室透感觉在哪里见过对方（可能会猜到列车篇的宫野志保是基德假扮的）。
第1079——1081话重要剧情：
柯南破解了伊达航的笔记本的信息，发现伊达航未解决的案件跟安室透打工的波洛咖啡厅有关，于是和高木、佐藤来到了波洛咖啡厅；榎本梓提供了线索，柯南指挥（注意是柯南指挥）安室透、高木、佐藤三个警察分别行动，抓住了犯人；案件过程中安室透听到了灰原哀的一些推理；案件结束后佐藤怀疑自己见过安室透，安室透则予以否定。
最后安室透露出了得意的笑容（不知道是猜出了柯南是工藤新一，是发觉了灰原哀的异样还是因为佐藤疑似认出了他）。
第1082——1084话重要剧情：
长野县和群马县的交界处发生了案件，长野县的诸伏高明、大和敢助、上原由衣和群马县的山村操都前往调查。案件破解过程中，山村操得知诸伏高明是诸伏景光的哥哥，表示自己和景光是发小，小时候都要当警察，但现在失去了联系；诸伏高明隐瞒了景光已死的消息，表示他是加入日本公安之后为了身份保密声称辞职了。
第1085——1087话重要剧情：
横沟重悟和萩原千速在一次相亲活动中相遇，并遇到案件。破解案件的过程中，高木救下了倒地并差点划伤的重悟，破解案件之后，高木又救下了想要自杀的犯人，并为此受伤，千速由此想到了松田阵平——松田阵平上高中时也曾经为救人而受伤。
横沟重悟和萩原千速的CP感更明显了。
柯南又一次利用毛利小五郎的声音破解案件，疑似被千速注意到。
第1088——1090话重要剧情：
柯南、毛利兰、毛利小五郎被邀请去京都参加大冈家主办的活动，服部和和叶也来了，同时来的还有黑田兵卫。活动期间遇到案子，黑田兵卫参与到了破案。
大冈红叶企图利用这次活动调开和叶，勾引服部，没有成功。
伊织无我和黑田兵卫接头，柯南偷听，得知伊织有日本公安背景，曾经化名榊原做卧底（目前猜测可能是打入黑衣组织做卧底，也可能是是执行跟A药有关的任务但没有打入黑衣组织）。伊织无我向黑田兵卫说，过去的事（疑似是苏格兰威士忌即诸伏景光的牺牲）还羁绊着安室透。
对话过程中有一辆豪车经过，被三个人注意到了。豪车上坐着一个戴呼吸机的老人，老人嘲讽了警察（他可能是乌丸莲耶）。
第1091——1093话重要剧情：
警视厅三对CP被误会出轨，但其实是白鸟警官向宫本由美，羽田秀吉向三池苗子，千叶向小林老师咨询事情。
第1094——1096话重要剧情：
世良真纯把柯南骗到自己和领妹住的酒店，准备趁柯南洗澡时偷药；柯南则直接告诉她，药没带着（暗示她，自己已经知道她一边接近自己一边让领妹躲着自己了，拐弯抹角告诉她别装了）。
酒店发生了案件，柯南、世良、领妹和突然到来的妃英理（有一种说法认为这个妃英理是贝尔摩德假扮的，待确定）一起解决了案件；随后第1090话出现的神秘老人的司机制造了假的火警，使得全酒店客人都被疏散到了外面。
第1090话出场的神秘老人又来了，他坐在车上趁机观察了领妹，感觉不可思议。
第1097——1099话重要剧情：
上个篇章的案件之后，柯南发现所有的新闻报导都没出现领妹的形象，原因不明。
若狭留美和冲矢昴带着少年侦探团去海边浴场，两个人相互试探，若狭留美暗示自己知道冲矢昴有伪装，冲矢昴暗示自己知道若狭留美身上有伤疤；若狭留美还和冲矢昴说她感觉灰原哀就是那个扰乱她人生的女人的女儿（灰原哀是宫野艾琳娜的女儿，这意味着若狭留美可能是服用了银色子弹，即宫野夫妇版的A药，还可能知道灰原哀就是宫野志保）。
海滨浴场发生了案件，解决案件的过程中若狭留美接触灰原哀，暗示自己知道她不是小孩。
案件解决之后，一个跟案件相关的黑帮过来围攻主角团队，冲矢昴冲出去抵挡并让若狭留美把孩子们带到别的地方去；若狭留美看到冲矢昴，回忆到了赤井务武，回忆中赤井务武拦住一个脸上带伤的年轻女子（年轻时的若狭，但和现在的若狭长相差别很大）并说“接下来要看到的怪物不是你这个年纪的小姑娘以命相博的对手”；最后冲矢昴和若狭留美分别打倒了一部分黑道成员。若狭留美在柯南和赤井秀一面前假装他们不是自己打倒的（若狭一直在隐藏自己的武力，但这次没法隐瞒住了）。
第1100——1102话重要剧情：
基德出现，被柯南识破并追击的时候扮成了榎本梓，和真榎本梓一起出现（真榎本梓是想掩护基德逃跑）；柯南给安室透打电话问辨别方法，安室透故意对真假榎本梓喊自己喜欢她，结果基德装作高兴，真榎本梓露出了奇怪的表情，柯南因此分辨出了基德；不过最后基德还是跑了。
柯南上了新闻，有一个神秘老人（既第1090话之后出现的第二个神秘老人，看起来也像个有钱人）用手杖砸手机，而手机屏幕上正是上了新闻的柯南（不过这个神秘老人很可能不是乌丸莲耶，且很可能砸的不是柯南；更有可能的情况的，老人是铃木财团的竞争对手，砸的是跟柯南合影的铃木次郎吉）。
第1103——1109话重要剧情：
白鸟警官去参加了一场国际象棋大赛，小林老师、若狭留美带着少年侦探团去给白鸟加油。黑田兵卫也去参赛了，结果白鸟输给了黑田。胁田兼则也去了现场。现场发生了案件，柯南破解了案件；随后黑田兵卫叫走了柯南，跟柯南谈起了17年前阿曼达休斯和羽田浩司被杀的案件。
（以下为案件经过，由黑田兵卫、若狭留美、胁田兼则三人的回忆拼接而成，内容很长，如果看不过来就跳过引用块内容，只看后面的）。
17年前，美国资本家阿曼达·休斯是计划竞选美国总统。阿曼达有很多保镖，而若狭留美真名蕾切尔·浅香，当时是她的保镖之一，也是她的养女。
羽田浩司是日本将棋棋手，这次去美国参加国际象棋比赛（目前的剧情说是出于个人兴趣），并跟阿曼达在酒店进行了会面，会面期间他跟浅香互有好感，并知道了浅香右眼患有一过性黑矇症（情绪激动就看不清东西）。
黑衣组织盯上了阿曼达，于是朗姆带领一群黑衣组织成员出动，先利用他左眼的超能力（左眼看过的事物就能记住，这个能力本来右眼也有，但后来右眼退化了）找出了阿曼达的其他保镖并逐一电晕，后找到了阿曼达本人，想以浅香相要挟，逼阿曼达入伙；阿曼达为保护浅香而自杀。这个过程中，阿曼达已经感到了危机，所以把浅香支到了羽田浩司的房间，并一度叫了SWAT（特警），但贝尔摩德用她的变声能力骗了SWAT，所以他们不会来了。这段还交待，阿曼达50年前（现在就是67年前了）在乌丸莲耶的生日宴上见过还是小孩的朗姆，而朗姆这个代号是从他父亲那里继承的（基本可以肯定胁田兼则是乌丸莲耶的亲戚，且他的父亲就是朗姆，他则继承了这个代号，现在的疑点是为什么67年前阿曼达见过他，他却不像那么老的人，有两种猜测，一是阿曼达见的其实是胁田兼则的父亲，二是胁田兼则已经服了A药）。
浅香到了羽田浩司的房间之后，浩司意识到了危险，于是在黑衣组织上门找浅香时将她藏了起来，后来又感觉黑衣组织会二次来，于是电晕了浅香，并把她藏到书架上，将一枚将棋棋子（自己的护身符）留给了她，装作普通的路人面对黑衣组织（之前那句“这样的话还想杀我吗”指的是他认为自己对黑衣组织而言是路人，黑衣组织不会杀他）；但朗姆利用超能力发现了书架的问题，正在检查时，羽田浩司喊了一句“乌丸莲耶”（浩司利用他的记忆，猜出了他们跟乌丸莲耶有关），吸引了朗姆的注意，于是朗姆殴打羽田浩司逼问浅香的下落，逼问不成便用A药杀了浩司。
黑田兵卫当时名义上是休假，实际上是在美国保护阿曼达。他找到了已死的阿曼达，并用手机记录了她的死亡讯息，后来又找到了已死的羽田浩司。浅香醒来，误以为是黑田杀害了浩司，于是跟他打，结果看到了黑田手机上阿曼达已死的信息，一分神，被黑田打晕。黑田带走了浅香。
朗姆一度带队离开，后来发现情况不对，又找了回去，看到现场情况之后带人追赶黑田，黑田被车撞晕，后来在医院里昏睡了10年；浅香带着羽田的将棋跑了。
整个过程朗姆的失误主要有：
1.没确认阿曼达死亡就离开，给了她留死亡讯息的时间；
2.明明已经看出了浩司房间的问题，却被他一句“乌丸莲耶”转移了注意力，没有第一时间找到浅香；
3.没确认浩司死亡就离开，给了他留死亡讯息的时间；
4.已经意识到浩司可能留下了死亡讯息，却没有破坏它；
5.黑田兵卫已经被撞伤了，却由于听说警察靠近而没有杀了他。
失误的后果：
1.黑田活了下来；
2.浅香跑了；
3.阿曼达留下了死亡讯息，并被黑田记了下来；
4.浩司留下了死亡讯息，且讯息直指“乌丸”。
若狭留美真名蕾切尔·浅香，17年前是阿曼达·休斯的养女兼保镖，并和羽田浩司相互有好感。17年前，朗姆（现在的胁田兼则）左眼有超能力，利用超能力在美国带人逼死了阿曼达，随后羽田浩司为了保护浅香而被朗姆杀害。黑田兵卫当时找到了已死的阿曼达，并发现了她的死亡讯息，后来又找到了已死的羽田浩司，再后来找到了浅香，但浅香误以为黑田兵卫是组织的人，于是跟他打，结果反被黑田兵卫打晕。黑田兵卫带着浅香逃的时候，朗姆前去追赶，结果黑田兵卫被车撞晕，在医院里昏睡了10年。浅香跑了。
黑田兵卫把阿曼达的死亡讯息给了柯南，柯南解读出了“小心”，然后推测是小心某人的眼睛，还猜测若狭留美就是浅香。
胁田兼则怀疑若狭留美就是当年的浅香，于是派基安蒂和科恩狙击她，结果若狭发现了这一计划，于是先借故把用自己的伞给了小林老师（以此吸引基安蒂和科恩，让他们暴露位置），然后抢劫了一家武器店，获得了枪，最后开枪打伤了基安蒂。
胁田兼则确认了若狭留美就是当年的浅香，想利用A药恢复右眼的能力对付她——这里的意思估计是，胁田兼则左眼已经不在了（原因尚未交待），而他很可能已经意识到了A药有让人变小的功能，所以想让自己变年轻，恢复意退化的右眼的超能力。
柯南把若狭留美是浅香是猜测告诉了赤井秀一，秀一则说羽田案之后，他父亲赤井务武受羽田康晴（羽田浩司的父亲）委托去美国调查羽田案，而羽田康晴对美国、日本的警察都不信任（看来第1090话的嘲讽日本警察的老人是BOSS的可能性降低了，是羽田康晴的可能性增加了）。
第1110——1112话重要剧情：
帝丹小学一年B班要进行公开课，工藤有希子以江户川文代的身份作为柯南的母亲出席。柯南的同学东尾玛利亚的母亲住院，阿笠博士用iPad帮助她以远程会议的方式参加了公开课。
柯南发现变小之后量身高一点也没有增长，问灰原哀是不是药的原因，灰原哀说不是，但（神情像是另有隐情）。
胁田兼则要杀若狭留美，但学校人多不好下手，一时又查不出她住哪里。
第1113——1115话重要剧情：
服部平次、远山和叶、大冈红叶、伊织无我坐新干线列车去东京，路上遇到案件，犯人暗中威胁红叶的生命，强迫伊织找一个U盘。柯南通过电话帮助服部他们制服了犯人们。
原来，大冈红叶是日本前首相的孙女。三年前，大冈家的别墅遭遇到一伙歹徒的袭击，当时是日本公安的伊织无我在与歹徒的搏斗中受伤，红叶帮他处理了伤口，后来伊织打败了歹徒，但歹徒跑了一个，而逃跑的歹徒是这次案件的犯人之一。
此前，一名鹤城议员因丑闻被前首相换出内阁并开除党籍，而本系列的犯人都是那名鹤城议员的手下。他们犯的案件包括：1.袭击大冈家的别墅；2.在议员的指示下杀害了议员的秘书，并伪造成秘书畏罪自杀；3.在这次列车上杀害知情人，并挟持红叶，逼迫伊织帮助他们找带有议员罪证的U盘。
案件结束后，伊织无我回忆起当初因为大冈红叶的一句“小材也能大用啊”从公安辞职，当了大冈红叶的管家。
另一方面，一位黑衣老人隔着列车玻璃出现，让安室透调查柯南。
